Participants : Leslie Regad (LR) et Akram Hecini (AH)

[Résultats obtenus par Akram] (../pocket_PR2.html) # Estimation des poches

Akram a travaillé sur l’estimation des poches des 19 PR2

  • problèmes rencontrés
    • PockDrug ne calcule pas la druggabilité pour des poches trop petites
      \(\rightarrow\) LR essaie de trouver le programme pour voir si on peut supprimer cette condition
    • PockDrug et fpocket ne donne pas les mêmes poches (en termes de résidus)
      Exemple sur 1HSH :
      Regarder si dans pockDrug le paramètre du diamètre a changé.

Caractérisation des poches

  • pour chaque protéine, AH a regardé combien de poches sont extraites
  • AK doit aussi regarder la taille de l’ensemble des poches :
    • en définissant taille des poches comme le nombre de résidus
    • en définissant taille des poches comme le nombre d’atomes
      Regarder cela pour l’ensemble des protéines et pour chaque protéine
  • Il faut maintenant calculé le chevauchement entre toutes les poches pour identifier les poches communes.
    LR a fourni le programme script/scrOverlapScore/main_Overlap_arg.py
    Pour utiliser ce programme AK doit :
    • créez un répertoire qui contient les fichiers pdb des poches extraites des 19 PR2 en les renommants
    • créez un répertoire qui contient les fichiers pdb des 19 PR2.
    • lancer le programme sur ces données
    • analyser les résultats pour déterminer quelles sont les poches similaires.